Algunos programas heredados de Intel no funcionan con el nuevo sistema operativo, así como algunos complementos del navegador.
Intel trabajó con Microsoft en el desarrollo de Windows 7 con el fin de convertirlo en un sistema operativo estable, pero todavía queda mucho trabajo por hacer antes de migrar los PC al nuevo sistema operativo dentro de un entorno Intel, según escribió Roy Ubry, ingeniero de Intel, en una entrada de blog. Este trabajo implica resolver cuestiones relacionadas con la compatibilidad con versiones anteriores de la aplicación, el soporte de navegador web, la informática de 64 bits y los controles de privacidad. "Esto significa que deberá invertirse una cantidad de trabajo significativa para prepararse para la aplicación Windows 7", señala Ubry.
Intel, que en 2009 anunció que podría migrar desde Windows XP a Windows 7 saltándose Windows Vista, está comenzando ahora su transición a Windows 7. Una de los desafíos más importantes a los que se enfrenta afecta a la migración de aplicaciones que se pueden ejecutar de manera nativa en Windows XP a Windows 7. El paso de los sistemas de Windows XP a la informática de 64 bits de Windows 7 presenta un problema de compatibilidad de aplicaciones, ya que Windows 7 no es compatible con programas de 16 bits, e Intel aún tiene muchas aplicaciones heredadas que requerirá que la empresa de soporte a los sistemas operativos anteriores. Como explica Roy Ubry, “las empresas que desean migrar a Windows 7 tendrán que cambiar sus programas de 16 bits por aplicaciones de 32 o 64 bits”.
Otro desafío al que hay que hacer frente tiene que ver con la forma en que Windows 7 actúa sobre los programas de 32 bits, que son almacenados en un directorio llamado Program Files (x86), en lugar de los programas de 64 bits que se guardan el directorio Program Files, lo que, según Ubry, “origina una serie de problemas a la hora de buscar aplicaciones específicas”.
Intel también ha retrasado el despliegue de IE 7 e IE 8, ya que no son compatibles con los complementos específicos y las aplicaciones escritas para Internet Explorer 6, entre ellas algunos complementos de Office y versiones de Java, "asuntos que deben ser resueltos", afirma el ingeniero de Intel.
La compañía también está tratando de abordar algunas prestaciones de seguridad incorporadas en Windows 7, que podrían crear problemas al tratar de ejecutar programas. Entre ellas una mejora de la función UAC (User Access Control), que solicita el permiso de un usuario antes de proporcionar acceso a los programas. Junto a ello, está dando una serie de pasos para migrar sin problemas a Windows 7, que incluye la puesta en marcha se inventarios de aplicaciones y entornos de prueba y el establecimiento de una red de seguridad 
